"A f.1 do L.º 1º que serviu nesta Santa Casa está uma clareza pela qual se manifesta ser esta Irmandade erecta em 5 de Março de 1529 anos por ordem de El-Rei e que seus fundadores foram Diogo Martins e Rodrigo Afonso Reimão",
lê-se na abertura do Livro mais importante do espólio da Instituição.
Sendo fundada em 1529, a Santa Casa da Misericórdia de Palmela ocupa o sexagésimo quinto lugar na lista de antiguidade, entre as Misericórdias fundadas em Portugal.
A Santa Casa teve a sua origem de uma ermida, intitulada do Espírito Santo, a qual fundaram como albergaria dois homens bons desta vila, chamados Diogo Martins e Rodrigo Afonso Reimão no ano de mil quatrocentos e setenta e um, fazendo nela uma confraria de caridade, de que eles foram os primeiros confrades, continuando esta confraria até ao ano de mil quinhentos e vinte e nove. Altura em que, por os confrades verem que não existia na Vila, uma Casa da Misericórdia, determinaram fundá-la na mesma ermida, fazendo o seu compromisso regulado pelo da Misericórdia de Setúbal. Mais tarde, ordenou Sua Majstade, por seu alvará e provisões, que na Misericórdia de Palmela, se observasse o compromisso da Misericórdia de Lisboa, e por ele se regulasse em tudo o que se pudesse aplicar e ter lugar e que gozasse de todos os privilégios da mesma Misericórdia de Lisboa.
Segundo os registos existentes, foi integrado na Santa Casa da Misericórdia de Palmela o Hospital do Espírito Santo, tendo sido interpretado, durante muito tempo, como a espinha dorsal de toda a actividade da Misericórdia.
Encontram-se registos de outras actividades da Misericórdia de Palmela, para além do Hospital, como a distribuição de esmolas, a assistência aos presos, havendo registos que por várias vezes a Instituição estabeleceu avenças com letrados (advogados) para patrocinar os presos, o enterro dos mortos, a condução dos pobres e até constituir dotes para noivas com dificuldades económicas.
